Ngành khảo cổ học ở Việt Nam nói riêng và trên thế giới nói chung còn là một ngành khoa học non trẻ so với những ngành khoa học tự nhiên và xã hội khác . Tuy còn non trẻ nhưng khảo cổ học đã thực sự là một môn khoa học , có ý nghĩa quan trọng trong việc phục dựng lại quá khứ bằng những hiện vật thật . Các thành tựu của khảo cổ học trên thế giới nói chung , và ở Việt Nam nói riêng trong một thế kỷ vừa qua có ý nghĩa vô cùng to lớn , bằng thành tựu rực rỡ của ngành khảo cổ học ở Việt Nam , chúng ta đã chứng minh được nguồn gốc bản địa của Văn hóa Đông Sơn , cũng như chứng minh được thời đại Hùng Vương là có thật trong lịch sử dân tộc . Có thể lấy năm 1898 làm mốc ra đời của ngành khảo cổ học Việt Nam với sự thành lập ủy ban khảo cổ học Đông Dương , sau này đổi thành Viện Viễn Đông Bác Cổ vào năm 1900 . Với chức năng là thu thập và tìm tòi những di tích , di vật cồ ở Việt Nam nói riêng và khu vực Đông Dương nói chung . Trong suốt hơn một thế kỷ từ lúc ra đời , trải qua những biến cố thăng trầm của lịch sử , khảo cổ học Việt Nam đang ngày một lớn mạnh , đạt được những thành tựu hết sức to lớn về nhiều phương diện , qua đó chúng ta cũng phần nào thấy được những đóng góp hết sức lớn lao của thế hệ tiền nhân đi trước trong ngành khảo cổ như Giáo Sư Trần Quốc Vượng , Giáo Sư Hà Văn Tấn , v..v… Trong những năm tháng chiến tranh ác liệt đội ngũ những nhà khảo cổ vẫn xung phong chấp nhận gian khổ , hi sinh , mất mát đi vào những tuyến lửa để nghiên cứu khoa học phục vụ cho tổ quốc . Sau năm 1975 , đất nước bắt đầu hòa bình , các nhà khảo cổ lại bộn bề với những công việc chồng chất của những di tích ở phía nam Việt Nam như Óc Eo , Đồng Nai , ..v..v.. , với những cố gắng và nỗ lực to lớn ngành khảo cổ học Việt Nam cũng đã gặt hái được vô số những thành công song bên cạnh đó những bất cập đặt ra trong thời kỳ mới không phải là không có .
Điều bất cập đầu tiên có thể nhận thấy là vấn đề về công tác cán bộ khảo cổ học , với tính chất công việc còn bộn bề và phức tạp như thế , nhưng đội ngũ các cán bộ khoa học của bộ môn khảo cổ học ở Việt Nam nhìn chung vẫn còn thiếu thốn , hàng năm số sinh viên theo học ở bộ môn khảo cổ học ở các trường chưa nhiều , một số sinh viên sau khi ra trường còn làm những công việc chủa đúng với sở trường , năng lực cũng như với lượng kiến thức được đào tạo , những chính sách khuyến khích đối với người học bộ môn này chưa nhiều , việc thiếu thốn về đội ngũ là một vấn đề quan trọng đối với tình hình khảo cổ học đang bộn bề công việc như ngày nay . Bên cạnh công tác đào tạo , chúng ta còn phải chú ý tới công tác tái đào tạo đội ngũ cán bộ đã tốt nghiệp , bởi vì chúng ta cần cập nhật những thành tựu khoa học kỹ thuật cũng như những luồng kiến thức mới . Phải nâng cao hơn nữa trình độ sử dụng các trang thiết bị kỹ thuật phục vụ cho khảo cổ học , vấn đề tái đào tạo trong thời kỳ công nghiệp hóa hiện đại hóa có tính chất quan trọng không chỉ trong khảo cổ học mà còn có giá trị đối với tất cả các ngành khoa học khác . Một vấn đề khác của khảo cổ học Việt Nam hiện tại là công tác đào tạo chưa đáp ứng đầy đủ về mặt kiến thức những nhu cầu cần thiết cho người học , đặc biệt là những kiến thức về công tác thực địa điền dã , thật sự là phần lớn những kiến thức mà một sinh viên ngành khảo cổ học của chúng ta ngày nay biết được chủ yếu là dựa trên sách vở lý thuyết là chính , vấn đề thực địa thường chưa có điều kiện để thực hiện nhiều với thời gian đào tạo ở bậc đại học có hạn và còn khá nhiều thời gian phải dành cho những môn đại cương thì thời gian đào tạo của ngành khảo cổ học ở giảng đường đại học là khá ít ỏi , với thời gian đó đòi hỏi một sinh viên khảo cổ học phải rất vất vả để tự tìm những kiến thức bên ngoài .
Một vấn đề nữa được đặt ra đối với ngành khảo cổ học ở Việt Nam ngày nay đó là vấn đề kinh phí , khảo cổ học là một trong những ngành khoa học khá tốn kém , công tác khai quật tốn kém đã đành , công tác nghiên cứu trong phòng lại tốn kém hơn nhiều , dù cho chúng ta có cố gắng khắc phục tốt vấn đề nguồn nhân lực , đội ngũ cán bộ của chúng ta nhiệt tình nhưng thiếu kinh phí thì quả là một thách thức lớn đối với khảo cổ học . Nhà nước có cấp kinh phí cho khảo cổ học nhưng với khối lượng công việc đồ sộ và phức tạp như thế thì nguồn kinh phí đó xem ra cũng có những bất cập . trước những vấn đề đó thiết nghĩ ngành khảo cổ học của chúng ta nên chủ động xúc tiến những chương trình nghiên cứu và hợp tác với các nước khác trên thế giới , việc đó cũng phù hợp với xu hướng hội nhập hiện nay . Hợp tác nhưng tất nhiên là chúng ta cũng không lệ thuộc vào họ , vì khoa học là để nghiên cứu tìn tòi một cách chân chính mang lại những hiểu biết xác thực cho nhân loại . Thông qua những chương trình hợp tác với các nước khác , một phần chúng ta có thể tận dụng nguồn kinh phí của họ đáp ứng phần nào cho khảo cổ học nước nhà , mặt khác chúng ta cũng sẽ có điều kiện tiếp xúc với những tiến bộ của khoa học kỹ thuật cũng như với những phương pháp nghiên cứu liên ngành khác . Ngoài ra khi hợp tác với các nhà khoa học nước ngoài chúng ta sẽ có những cách tiếp cận mới , những tư duy đa chiều rất cần cho khoa học .
Bên cạnh những vấn đề vừa nêu ở trên thì vấn đề áp dụng những thành tựu của khoa học kỹ thuật vào ngành khảo cổ học ở Việt Nam cũng là vấn đề đáng để quan tâm , Ngày nay với trình độ phát triển của khoa học kỹ thuật trên thế giới diễn ra như vũ bão , nhiều nước trên thế giới đã ứng dụng những phương pháp rất tiến bộ vào nghiên cứu khảo cổ học tuy nhiên những phương pháp đó cũng rất tốn kém và đòi hỏi đội ngũ cán bộ nghiên cứu phải có khả năng vận dụng , sử dụng , cập nhật những ứng dụng mới về lĩnh vực công nghệ thông tin nói riêng và những lĩnh vực liên ngành khác nói chung . Ở Việt Nam hiện nay chúng ta cũng có trang bị những trang thiết bị nghiên cứu khảo cổ học , nhưng nhìn chung so với thế giới thì vấn đề khoa học kỹ thuật trong ngành khảo cổ học của chúng ta còn chưa cập nhật đầy đủ so với thế giới . Mặt khác vấn đề sử dụng những trang thiết bị đó cũng vẫn còn bất cập , nhiều khi bỏ ra vài tỷ đồng để trang bị những máy móc phục vụ cho nghiên cứu , nhưng khi về nước thì những thiết bị đó không được sử dụng là bao do vấn đề đội ngũ khảo cổ học của chúng ta còn chưa được trang bị những kiến thức liên ngành nhiều .
